Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego jest organem niezespolonej administracji rządowej podlegającym ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych oraz organem Krajowej Administracji Skarbowej.

Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego powołuje Szef Krajowej Administracji Skarbowej na wniosek Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.

Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego odpowiada przed Dyrektorem Izby Administracji Skarbowej za prawidłową i terminową realizację zadań, które wykonuje przy pomocy Urzędu Celno-Skarbowego.

Zakres działania, terytorialny zasięg oraz organizację Urzędu Celno-Skarbowego określają w szczególności:

• ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej,
• ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej,
• ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych,
• zarządzenie Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r. w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości oraz nadania im statutów,
• rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia  24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej,
• przepisy odrębne,
• regulamin organizacyjny Urzędu.